„Projekt Manhattan” wkracza w środowisko preppersów — osób, które zamiast ufać systemowi, szykują się na jego upadek. Film towarzyszy Krzyśkowi, który w przerwach od przygotowań na „koniec świata” pielęgnuje bunkier należący do jego stowarzyszenia. W świecie, w którym lęk przed przyszłością staje się coraz bardziej powszechny, historia schronu nabiera nowego znaczenia — już nie jako relikt wojny, lecz odpowiedź na współczesną niepewność oraz przestrzeń, w której Krzysiek odnajduje sens i możliwość działania.